Komisja Międzyresortowa została powołana 24 czerwca 1944 r. Jej zadaniem było sprawne sporządzanie list zgodnie z ustalonym kontyngentem i rozpatrywanie odwołań. Przejęła ona część zadań Komisji Wysiedleńczej (vide). W jej składzie znaleźli się kierownik resortu bieliźniarskiego Leon Glazer (vide), szef Wydziału Budowlanego (vide) inż. Ignacy Gutman (vide), kierownik resortów skórzano-rymarskich (vide) Józef Podlaski (vide), kierownik Wydziału Kuchen (vide) Boruch Praszkier (vide), komisarz Zygmunt Reingold (vide) ze Służby Porządkowej (vide), członek Prezydium FUKR (vide) Mieczysław Rosenblatt (vide), kierownik Kasy Głównej (vide) Salomon Ser (vide), były kierownik Urzędu Pracy (vide) Kiwa Siennicki (vide), kierownik magazynu używanego obuwia Izaak Sonabend (vide), jeden z kierowników Wydziału Metalowego I (vide) inż. Abraham Strykowski (vide), Dawid Warszawski (vide) oraz kierownik Zakładu Drzewnego III Ludwik Winograd (vide).

Siedziba Komisji znajdowała się przy ul. Tokarzewskiego 18.

W ramach Komisji istniały działy lub podkomisje. Za skompletowanie wymaganego kontyngentu odpowiedzialni byli wszyscy członkowie Komisji, wszelkie reklamacje i odwołania przyjmowałą komisja reklamacji, którą tworzyli Glazer, Podlaski, Praszkier, Ser, Siennicki, Strykowski i Winograd. W punktach zbornych za opiekę nad przeznaczonymi do wysiedlenia odpowiedzialni byli Reinhold i Praszkier. Biuro podzielono na cztery sekcje – trzy z nich zajmowały się sprawami osób z resortów pracy, jedna zaś osobami z wydziałów administracji gettowej. Sekretariat Komisji prowadzili byli referenci z Fach- und Kontrollabteilung (vide FUKA) – Mandelman, Lotenberg (vide), Perl i Feierstein.

Komisja Międzyresortowa opracowała warunki, według których kierownicy poszczególnych komórek mieli wybierać pracowników do wysiedleń. Sugerowano wyznaczenie aktualnie najmniej potrzebnych pracowników (z wyjątkiem najbliższych krewnych), zdolnych do pracy w wieku od 15 do 60 lat (granica wieku mogła być przekroczona). Wyliczono, że w celu zapewnienia kontyngentu osób do wysiedlenia wymaganego przez władze niemieckie należało wpisać na listy wysiedleńcze 20–25% pracowników. Przygotowane w ten sposób listy miały być wywieszone na widoku publicznym, tak aby można było się odwołać od decyzji. W rzeczywistości sporządzano dwie listy, tzw. zewnętrzną, na której umieszczano nazwiska osób protegowanych, i wewnętrzną, z nazwiskami osób rzeczywiście przeznaczonych do wysiedlenia. System ten miał służyć uniknięciu protestów, mogących źle wpłynąć na produkcję w getcie.

Pierwszą instancją rozpatrującą wnioski był kierownik danej komórki, drugą zaś komisja reklamacji przy Komisji. W przypadku dobrowolnego zgłoszenia się do wysiedlenia za tę osobę skreślano nazwisko z przygotowanej listy, ale tylko do momentu jej opublikowania. Podobnie jak przy poprzednich deportacjach osobom wyznaczonym do wysiedlenia niestawiającym się do punktów zbornych (vide) blokowano karty żywnościowe (vide). Do każdego transportu Wydział Zdrowia (vide) wyznaczał opiekę medyczną.

Część instytucji ze względu na zaangażowanie w akcję wysiedleńczą lub potrzebę funkcjonowania została zwolniona z obowiązku dostarczania list osób do wysiedlenia. Należały do nich: Wydział Kartkowy (vide), Centralny Punkt Skupu (vide), Wydział Pocztowy (vide), Mieszkaniowy (vide), Meldunkowy (vide), Statystyczny (vide), Straży Pożarnej (vide), Służby Porządkowej, Centrala (vide), Wydział Prądu Słabego (vide) i wykańczalnia ręczna. Niektórzy pracownicy, chcąc uchronić od wysiedlenia inne osoby, wchodzili w związki małżeńskie. Szybko zablokowano tę możliwość, na początku lipca śluby z funkcjonariuszami Służby Porządkowej i Straży Pożarnej zostały zakazane.

Akcja wysiedleńcza została zakończona 15 lipca 1944 r., co stanowiło finał funkcjonowania Komisji.