Po wybuchu wojny władze okupacyjne dążyły do likwidacji szkolnictwa żydowskiego. Przełożony Starszeństwa Żydów (vide) wynegocjował zgodę na pozostawienie szkół, pod warunkiem objęcia całego ciężaru organizacyjnego przez administrację żydowską. W końcu października został utworzony Wydział Szkolny z siedzibą przy ul. Franciszkańskiej 27, kierowany przez Markusa Braude. W jego skład weszli również: poeta Icchak Kacenelson, red. Jehoszua Ugier, Michał Brandstätter, rabin Gerson A. Fryderson, Eliasz Tabaksblat (vide) i Michał Gincburg. Skład personalny Wydziału uległ zmianie, ponieważ do końca 1939 r. miasto opuścili Kacenelson, Braude i Brandstätter, a Ugier został aresztowany i następnie zamordowany. Początkowo istniał podział na odpowiedzialnych za szkolnictwo świeckie – Tabaksblat (mianowany przez Rumkowskiego 31 października lustratorem szkół żydowskich) oraz religijne – Fryderson. Ostatecznie kierownictwo całego Wydziału przeszło od 1 maja 1940 r. w ręce Samuela Lwa (vide), w prezydium znaleźli się także Tabaksblat i Mojżesz Karo (vide) odpowiedzialni za szkoły wszystkich typów. Wyznaczono również funkcje wizytatorów szkół, którymi byli Szmul Bunin (vide) i Abraham Kamieniecki (vide). W momencie zamknięcia granic getta, a więc 1 maja 1940 r., Wydział Szkolny odpowiadał za 31 szkół powszechnych, w tym jedną dla głuchoniemych, dwa przedszkola, dwie Talmud Tory, Gimnazjum i Liceum. Do dyspozycji Wydziału zabezpieczono 17 lokali (część szkół mieściła się w tych samych budynkach) oraz budynek przy ul. Dworskiej 14 (vide), będący Domem dla Nauczycieli (vide).

Dzieci kierowane były do szkół przez Wydział Szkolny. Uwzględniano przede wszystkim miejsce zamieszkania i odległość od szkoły. Osobą, która odpowiadała za kartotekę uczniów i nadzór nad obowiązkiem szkolnym odpowiadała w pierwszym okresie Dorota Wassercug (vide Ciocia Marysia). Szkoły powszechne składały się z sześciu oddziałów (klas), co stanowiło pewną modyfikację w porównaniu z przedwojennym systemem siedmioklasowym.

Zarządzeniem Rumkowskiego 1 lipca 1940 r. wprowadzono obowiązkowe dożywianie dzieci w szkołach. Z obiadów wydawanych w szkołach korzystało ok. 10–12 tys. dzieci i młodzieży. Szkoły zapewniały także opiekę lekarską i przeglądy higieny.

Lekcje odbywały się na dwie zmiany, ranną i popołudniową, trwały po 35 minut z pięciominutowymi przerwami i dwiema dziesięciominutowymi, dziennie odbywało się pięć lekcji na zmianie porannej i tyleż samo na zmianie popołudniowej. W nauczaniu obowiązywała przedwojenna podstawa programowa, którą stopniowo modyfikowano. Przede wszystkim umieszczenio w programie nauczania język żydowski i niemiecki, a od 1 maja 1940 roku język hebrajski i nauki judaistyczne. Uruchomienie nauki tych przedmiotów natrafiało na szereg trudności, przede wszystkim kadrowych, gdyż brakowało nauczycieli, znających pismo i gramatykę języka żydowskiego. W październiku 1940 r. przeprowadzono nawet ankietę wśród nauczycieli z pytaniami o znajomość jidysz (vide Jidysz jako język wykładowy). Podobna sytuacja miała miejsce w przypadku języka hebrajskiego. Trudność rozwiązano poprzez zaangażowanie do pracy absolwentów hebrajskich szkół średnich. Brakowało jednolitych podręczników do wszystkich typów szkół. Prowadzono więc zajęcia w oparciu o dostępne tytuły, często uczniowie po skończonej lekcji wymieniali się podręcznikami z inną grupą. Do nauki religii używano Pięcioksięgu i modlitewników. Dotkliwy był brak podręczników do nauki języka żydowskiego, częściowo rozwiązany przez wydanie drukiem tekstów w języku żydowskim dla początkujących i zaawansowanych. Z braku materiałów powstał jednak tylko jeden czterostronicowy arkusz. Z inicjatywy Eliasza Tabaksblata wydano również krótki słowniczek pojęć w języku żydowskim z dziedziny geometrii i arytmetyki. Wydział Szkolny powołał komisję mającą na celu opracowanie elementarza do nauki języka żydowskiego na trzech poziomach zaawansowania. Treść podręcznika była przygotowywana przez Szmula Rozensztajna. Koszt wydrukowania tysiąca egzemplarzy szacowano na 2665 marek. Nie udało się jednak zrealizować tego projektu, głównie ze względu na trudności techniczne. Cały zamysł reformy szkolnictwa wzmacniającej język żydowski została przerwana wraz z zamknięciem szkół jesienią 1941 r., kiedy budynki szkolne zostały przeznaczone na zbiorowe kwatery dla Żydów z Rzeszy i Protektoratu.

W sierpniu 1940 r. Wydział Szkolny organizował dla dzieci i młodzieży kolonie na Marysinie (vide). W ramach tych kolonii działały trzy szkoły powszechne, w tym jedna religijna, umożliwiające przebywającym tam dzieciom i młodzieży pobieranie nauki. Program nauczania był jednak mocno okrojony, w planie dnia przeznaczano zaledwie pół godziny dziennie na naukę. Półkolonie dla dzieci i młodzieży szkolnej organizowane od lipca 1940 r. częściowo pełniły także funkcje instytucji oświatowych, jednak podstawowym celem ich działania było organizowanie wypoczynku i utrzymanie przy zdrowiu kolonistów. W sumie z zorganizowanych przez Wydział Szkolny kolonii skorzystało ponad 10 tys. dzieci i młodzieży.

Wydział Szkolny odpowiadał również za akcję przewarstwowienia dzieci i młodzieży, czyli kierowaniu do prac w resortach. W praktyce pomysł ten miała realizować działająca od 1 marca 1941 r. przy Wydziale Szkolnym Komisja Przewarstwowień (Umschichtungs-Kommission), mieszcząca się przy ul. Franciszkańskiej 27. W Komisji opracowano specjalne ankiety, na podstawie których młodzież przydzielano do odpowiednich zakładów pracy. Proces angażowania młodzieży do pracy stopniowo przynosił coraz lepsze rezultaty, zwłaszcza wśród starszej młodzieży.

Zamknięcie szkół jesienią 1941 r. otworzyło nowe pole działalności Komisji Przewarstwowień, zwłaszcza wobec wprowadzanej od wiosny 1942 r. polityki zatrudniania również dzieci od lat dziesięciu. Komisja przejęła w praktyce obowiązki Wydziału Szkolnego.