W czasie pogromu Nocy Kryształowej 10 listopada 1938 r. lokalne oddziały bojówek SA zdewastowały co najmniej 5 budynków synagog, w tym główną synagogę przy Bornplatz oraz kostnicę gminy żydowskiej. Aresztowano niemal 1000 osób, z których 873 osoby skierowano w kolejnych dniach do więzienia w Fuhlsbüttel, a kilkadziesiąt kolejnych do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. Co najmniej jedna osoba zginęła i dziesiątki zostały ranne.
Po Nocy Kryształowej prześladowania Żydów stopniowo się nasilały, by zmusić pozostających w mieście do emigracji. W kwietniu 1938 r. wydano rozporządzenie o rejestracji żydowskich majątków. Osoby posiadające paszporty musiały je zdać do ostemplowania literą „J” (niem. Jude). Wprowadzono dodatkowe obciążenia fiskalne uzasadniając to koniecznością wypłacenia odszkodowań. Masowe wyjazdy trwały do października 1941 r., kiedy to władze nazistowskie podjęły decyzję o deportacji pozostałych w mieście Żydów.
15 października 1941 r. przewodniczący gminy żydowskiej w Hamburgu Max Plaut otrzymał informację od przedstawicieli gminy z Kolonii, że planowane jest wysiedlenie 20 tys. Żydów z Niemiec do Litzmannstadt (vide). Dwa dni później kierownik referatu żydowskiego lokalnej komórki Gestapo poinformował Plauta o planowanej „ewakuacji” do Litzmannstadt w najbliższym tygodniu, domagając się przygotowania listy z nazwiskami osób wyznaczonych do deportacji. Gdy Plaut odmówił, 21 października przedstawiciele policji przygotowali listę, na której umieszczono 1000 nazwisk oraz dodatkowe 200 osób, jako rezerwę. Do transportu dobrowolnie zgłosiło się kolejne 56.
24 października 1941 r. osoby wyznaczone do deportacji zostały poinformowane listownie o konieczności stawienia się w punkcie zbornym na podstawie rozkazu o „ewakuacji”.
Punkt zborny dla przesiedleńców zorganizowano w siedzibie loży masońskiej Dolnej Saksonii przy Moorweidenstrasse. Dopuszczono zabranie do 50 kg bagażu osobistego i zapasów żywności na dwa dni. Klucze do mieszkań należało zdać na komisariacie policji, która pieczętowała miesz- kania. Po dotarciu do miejsca zbiórki przesie- dleńcy zostali poddani kontroli, w trakcie której musieli oddać listę posiadanych ruchomości. W punkcie zbornym 3 osoby popełniły samobójstwo. Sporządzono listę, na której znalazło się 1034 nazwiska. Rankiem 25 października 1941 r. przewieziona została ciężarówkami na dworzec kolejowy Hannoverschen Bahnhof, skąd jeszcze tego samego dnia wyruszyła w podróż w kierunku Litzmannstadt.
Mieszkańcy Hamburga przybyli do getta 26 października 1941 r. o godz. 13:30. Był to 11 z kolei transport z Rzeszy i Protektoratu do getta łódzkiego. W grupie znajdowały się 1063 osoby – 417 mężczyzn i 646 kobiet, a więc o 29 osób więcej niż na liście Gestapo z Hamburga. Prawdopodobnie dodatkowe osoby pochodzą z listy rezerwowej. 235 osób należało do rodzin, poza tym w transporcie znalazło się także 187 samotnych mężczyzn oraz 267 samotne kobiety. Struktura wieku przedstawiała się następująco: 147 osób liczyło do 20 lat, 115 między 20, a 40, 544 między 40, a 60 oraz 96 osób ponad 60 lat. 85 osób z tej grupy cierpiało na choroby – najwięcej, 27 osób na choroby układu krążenia, 14 na artretyzm i choroby kości, 12 na uwiąd starczy.
Przesiedleńcy z Hamburga mieli ze sobą ponad 3700 kg chleba, niemal 3000 kg mąki, 1500 kg kaszy, 146 kg grochu, 1400 kg ryżu oraz 48 kg herbatników.
706 osób uznanych zostało za zdolnych do pracy. Wśród zawodów wykonywanych przez przesiedleńców z Hamburga najwięcej było służących – 92 osoby, kupców – 51, krawców – 36, ślusarzy – 15 oraz 10 stolarzy i 10 malarzy pokojowych.
Kierownikiem transportu był Lucian Luka, a jego zastępcą Josias Lippmann. Mieszkańcy Hamburga ulokowani zostali w kolektywie zorganizowanym w dawnym gmachu szkolnym przy ul. Młynarskiej 25. Część przesiedleńców ulokowano również tymczasowo w gmachu dawnego kina Bajka przy ul. Franciszkańskiej 33.
Do 1 maja 1942 r. zmarły 122 osoby, a 20 zostało wysłanych w listopadzie 1941 r. do obozu pracy przymusowej w Poznaniu. W trakcie majowych deportacji, które objęły przede wszystkim Żydów z Rzeszy i Protektoratu do Chełmna wywieziono i zamordowano 540 osób z tej grupy, kolejne 54 deportowano w trakcie szpery we wrześniu 1942 r. Do końca października 1942 r. w getcie pozostało już tylko 248 mieszkańców Hamburga, czyli niespełna 24%. Wojnę przeżyło zaledwie 17 osób z tej grupy.