W obrębie getta znajdowały się dwa cmentarze żydowskie, określane jako stary (vide Cmentarz przy Wesołej) i nowy przy ul. Brackiej. Obejmujący ponad 40 ha teren założonego w 1892 r. nowego cmentarza żydowskiego został włączony do wyznaczonego przez Niemców obszaru dzielnicy żydowskiej w kwietniu 1940 r. Zwrócił się o to Mordechaj Chaim Rumkowski (vide) do władz niemieckich uzasadniając prośbę chęcią uniknięcia nieporozumień z okolicznymi mieszkańcami. Zdarzały się bowiem przypadki obrzucania kamieniami orszaków pogrzebowych przechodzących z terenu jeszcze wówczas nieogrodzonego getta na cmentarz. 

Mur cmentarny od północy i wschodu był granicą getta (vide) Było to rozwiązanie korzystne dla obu stron – władze niemieckie nie musiały się obawiać, że kondukty żałobne będą opuszczały teren getta, z kolei dla Żydów cmentarz będący w gestii administracji żydowskiej pozwalał na grzebanie zmarłych bez większych problemów organizacyjnych. W ramach żydowskiej administracji getta do zarządzania cmentarzem został powołany Wydział Pogrzebowy (vide), kierowany przez Beniamina Russa (vide). 

Z okresem istnienia getta łączą się również dosyć szczególne pochówki na cmentarzu żydowskim, a mianowicie ponad 700 ofiar tyfusu z tzw. obozu cygańskiego (vide), pochowanych z masowym grobie (jedynym na cmentarzu) oraz chrześcijan (vide), których deportowano razem z Żydami z Rzeszy i Protektoratu (vide wsiedlenia z Rzeszy i Protektoratu). Cmentarz był też miejscem, gdzie przeprowadzano egzekucje (vide). 

Zmarłych z okresu getta grzebano w przeważającej mierze na terenie tzw. pola gettowego. Nie jest to jednak jedyne wyznaczone miejsce pochówków. Wiele grobów z okresu wojny, często z charakterystyczną cementowym nagrobkiem (tzw. główka), znajduje się w pozostałych częściach cmentarza. Wybór miejsca zależał prawdopodobnie od woli rodziny. Miejscu pochówku sławnego hebraisty i nauczyciela, Abrama Kamienieckiego (vide) wskazał sam Mordechaj Chaim Rumkowski (vide). 

Teren cmentarza miał w początkowym okresie getta wyjątkowy charakter ze względu na włączony w jego obręb folwark. Przedwojenny ogród z oranżerią oddany został jesienią 1940 r. w użytkowanie założonym na Marysinie młodzieżowym hachszarom (vide). Z zachowanego inwentarza z momentu przejęcia 6 października 1940 r., ogrodu i upraw przez członka Wydziału Rolniczego (vide), który odpowiadał z grupy młodzieżowe wynika, że w oranżerii znajdowało się kilkadziesiąt skrzynek z kaktusami oraz kilkaset doniczek z kwiatami i krzewami. Uprawiano warzywa, przeznaczając na przykład 2000 metrów kwadratowych na ziemniaki. Na terenie cmentarza rozpoczęto karczowanie drzew, kierując do tej pracy również robotników z grup młodzieżowych. Tereny oczyszczone przeznaczono na pochówki.

Braki opału w getcie spowodowały, że cmentarz został ogołocony z drzew, mimo że teoretycznie nie był dostępny dla wszystkich mieszkańców i wejście odbywało się na podstawie specjalnych przepustek. 

Pod koniec wojny na cmentarzu żydowskim zakopane zostały najważniejsze dokumenty z sekretariatu Rumkowskiego. Miały one stanowić swoiste zabezpieczenie działalności Prezesa i jego bliskich współpracowników (mówiono np. o tych dokumentach, że są „posagiem” Dory Fuchs, sekretarki Rumkowskiego). Według Jakuba Poznańskiego (vide), podczas porządkowania getta po sierpniu 1944 r. znaleziono na cmentarzu prywatne archiwum Rumkowskiego, które Niemcy rozkazali natychmiast spalić.  

Ostatnim znamiennym akordem z czasu wojny związanym z cmentarzem było wykopanie na jego terenie dziewięciu dołów przez członków Aufräumungskommando (grupa pozostała po likwidacji getta do jego sprzątania). Rozkaz taki otrzymali oni 10 stycznia 1945 r. Było jednak jasne, że kopane doły miały stać się ich grobami, dlatego na zwołany na 18 stycznia przez Niemców apel zgłosiło się jedynie 20–26 osób z liczącej ponad 800 członków grupy. Następnego dnia Łódź została wyzwolona. Po wojnie pojawiały się informacje o planowanych ekshumacjach Polaków pomordowanych przez Niemców. Zwłoki rozstrzelanych jesienią 1944 r. osób ekshumowano z cmentarza żydowskiego w 1947 r. i pochowano na cmentarzu św. Rocha.