Transporty Żydów z Włocławka do getta łódzkiego dotarły koleją 26 i 28 września oraz 9 października 1941 r. Zostali zameldowani przy ulicach: Przelot- nej 4, 6, 8, Otylii 6, 9, 10, 16, Przemysłowej 38, 39, 40 oraz Próżnej 1 i 7.

Okupacja niemiecka Włocławka trwała od 14 września 1939 r. Pierwsze prześladowania rozpoczęły się 22 września 1939 r., kiedy to aresztowano 23 Żydów modlących się w mieszkaniu Izraela Dyszla, w trakcie zabito ponad 7 osób, a ich ciała pogrzebano w podwórzu domu. 24 września podpalono synagogi (przy ul. Żabiej i ul. Królewieckiej) oraz zwolenników cadyka Góry Kalwarii przy  ul. Kowalskiej. Podobnie jak w innych miastach, Żydzi byli wykorzystywani do usuwania szkód wojennych w mieście i okolicach lub do prac porządkowych. Kolejną formę dyskryminacji wprowadziło zarządzenie o konieczności noszenia na plecach żółtych oznak, ogłoszone w gazecie włocławskiej z 24 października 1942 r.

1 grudnia 1939 r. odnotowano obecność 5226 Żydów. W okresie tworzenia getta włocławskiego jesienią 1940 r. liczba ta zmniejszyła się do 4 tys. osób. W getcie włocławskim znajdowały się również grupy Żydów z innych miast. W listopadzie i w grudniu 1939 r. do Włocławka trafiły grupy Żydów wysiedlanych z powiatu lipnowskiego i Torunia, w 1940 r. zaś grupy z Brześcia Kujawskiego i Kowala. W pierwszej połowie 1940 r. odnotowano duże grupy uchodźców i wysiedleńców z Włocławka we Włoszczowie, Warszawie (2097 osób), mniejsze m.in. w Łodzi. Wywożono też podobnej wielkości grupy do obozów pracy przymusowej na ziemiach polskich. Żydzi najczęściej trafiali do poznańskiego Fortu Radziwiłła, na Stadion Miejski oraz do jego filii.

Jesienią 1940 r. przystąpiono do tworzenia getta, wybierając dzielnicę Rakutówek (rejon cmentarza żydowskiego), nieskanalizowaną, z przewagą prostej zabudowy drewnianej. Do końca 1940 r. można było się po nim poruszać swobodnie, a za zezwoleniem przełożonego policji zaopatrywano się w mieście. Ostatnich Żydów przesiedlono 9 listopada. Następnie stopniowo zakazywano wszelkich kontaktów, ostatecznie zaś zamknięto getto w listopadzie 1941 r. Wraz z tą decyzją warunki życia znacznie się pogorszyły.

Getto zostało otoczone drutem kolczastym, nadzór polityczny i policyjny nad nim sprawowało Gestapo. Kierownikiem Wydziału do spraw getta był esesman Otto. Na terenie getta funkcjonowały dwa sklepy, kuchnia ludowa, a przed jego zamknięciem piekarnia.

We włocławskim getcie przewodniczącym Rady Starszych był Izaak Kowalski. Ze względu na przejściowy charakter, wielkość i krótki okres istnienia getta nie odegrała ona tam tak znaczącej roli – jednym z jej obowiązków było sporządzanie list osób wysiedlanych do obozów zagłady.

Likwidację getta przeprowadzano etapami. Od września 1941 r. wysiedlono część Żydów do getta łódzkiego. Pierwsze wysiedlenia 26 września 1941 r. obejmowały liczbę 937 osób, 28 września 1054 osoby (w transporcie znaleźli się także Żydzi z okolicznych miast), następne 9 października 1941 r. – 1051 osób.

Żydzi z Włocławka i okolic byli jednymi z pierwszych skierowanych w styczniu 1942 r. do obozu zagłady w Chełmnie nad Nerem.

Po wysiedleniach 1941 r. zmniejszono obszar getta włocławskiego. Pod koniec roku Niemcy przystąpili do rozbiórki cmentarza żydowskiego, wywożąc fragmenty nagrobków z miasta. Ostateczna likwidacja getta rozpoczęła się pod koniec kwietnia 1942 r. 25 kwietnia skierowano do łódzkiego getta grupę mężczyzn. Pozostałe osoby zostały wywiezione (1000 mieszkańców) do obozu zagłady w Chełmnie nad Nerem (27–30 kwietnia). Kilka dni potem Niemcy podpalili getto. Teren uprzątnięto i pozostałe rzeczy spalono.