Urodził się 21 maja 1901 r. w Pradze w robotniczej rodzinie. Po ukończeniu szkoły średniej podjął studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Karola w Pradze, który ukończył 20 listopada 1926 r. ze specjalizacją z zakresu chorób wewnętrznych. Po ukończeniu studiów był asystentem prof. Artura Biedla, a następnie od 1930 r. prowadził wraz żoną Hildegardą (ur. 31 stycznia 1903 r., vide), radiologiem, własną praktykę lekarską.
Od czasów studenckich zaangażował się w ruch woodcrafterski (Liga Leśnej Mądrości, pol. puszczaństwo) – ideę wychowywania człowieka poprzez rekreację na łonie przyrody, w którym odgrywał istotną rolę jako przywódca grupy Prager Neupfadfinder o przydomku Wučiček.

Po zajęciu Czechosłowacji przez Trzecią Rzeszę i utworzeniu Protektoratu Czech i Moraw zmuszony został porzucić praktykę lekarską i podjąć się pracy fizycznej. Nie zaprzestał jednak wykonywania zawodu i potajemnie leczył pacjentów. Jeszcze w 1941 r., po wprowadzonym na terenie Protektoratu obowiązku noszenia przez Żydów żółtej gwiazdy Dawida (vide) odwiedził jeden z ośrodków ruchu woodcrafterskiego w Samechovie. Ostatnim adresem Voglów przed deportacją była Manesgasse 53 w dzielnicy XII w Pradze.

31 października 1941 r. został deportowany z Pragi (vide) do getta łódzkiego wraz z żoną i teściową w czwartym transporcie (vide Żydzi z Rzeszy i Protektoratu). Zamieszkali przy ul. Drewnowskiej 15.

Vogel znalazł się w grupie lekarzy oddelegowanych do pracy w tzw. obozie cygańskim (vide), w którym w końcu 1941 r. wybuchła epidemia tyfusu plamistego (vide). Według Kroniki lekarze kierowani byli do pracy w obozie na zasadzie losowania: „Wydział Zdrowia deleguje żydowskich lekarzy do służby na terenie szpitala na podstawie losów. Udział w losowaniu biorą wszyscy praktykujący w getcie lekarze w wieku do lat 45”1.

W czasie pracy przy obozie poznał lekarza pogotowia Arnolda Mostowicza (vide), który wspominał Vogla po wojnie. Jeszcze w grudniu 1941 r. Vogl zaraził się tyfusem, podobnie jak inny lekarz pełniący służbę w obozie Paul Kraus (vide). Leczony w szpitalu zakaźnym (vide) odzyskał zdrowie, a tym samym odporność na chorobę, stąd niespełna rok później, 23 grudnia 1943 r. zaangażowany został do pomocy przy leczeniu chorych na tyfus więźniów obozu dla dzieci i młodzieży polskiej (vide). Vogl miał przyjmować pacjentów na terenie obozu, a od momentu uruchomienia dla nich w szpitalu zakaźnym w getcie oddziału, wyszukiwać i kierować tam chorych. Z powodu braku lekarstw dostarczał je z terenu getta, a niektóre nielegalnie pozyskiwał od Niemców. Stopniowo zyskał zaufanie i sympatię małoletnich więźniów. Na terenie obozu pracował do likwidacji getta (vide), w czasie której 28 sierpnia 1944 r. został deportowany do obozu Auschwitz-Birkenau (vide). Przez krótki czas miał tam pełnić rolę sanitariusza. W październiku 1944 r. deportowany do obozu w Hirschberg (pol. Jelenia Góra, podobóz Gross-Rosen), a następnie w listopadzie 1944 r. do Warmbrunn Bad (pol. Cieplice). W grupie tej znajdował się również Mostowicz, który kilkukrotnie wspominał Vogla w swojej relacji. W marcu 1945 r. więźniów, w tym Vogla, zmuszono do przejścia w marszu śmierci do obozu w Dorhnhau (pol. Kolce), skąd Vogla zabrano samochodem do obozu w Reichenau, a następnie do Wustergiersdorf (pol. Głuszyca), gdzie 8 maja 1945 r. doczekał wyzwolenia.

Po wyzwoleniu przez krótki czas Vogl pracował jako urzędnik w miejscowości Steinkuzendorf (pol. Kamionki), następnie powrócił jeszcze wiosną 1945 r. do Pragi. Tam dowiedział się o śmierci żony i najbliższej rodziny. Mimo kłopotów ze zdrowiem, był chory na serce i płuca, został skierowany do pracy jako lekarz i rekowalescent do Domu Dziecka w czeskich Olesovicach, gdzie pracował od 27 czerwca 1945 r. do końca 1947 r. Placówka korzystająca z pomocy UNRRA objęła opieką ponad 800 dzieci. Tam zajmował się dziećmi, które przeżyły pobyt w obozach koncentracyjnych. Po zakończeniu akcji pomocy byłym więźniom Vogl wrócił do Pragi, gdzie prowadził prywatną praktykę lekarską, a od 1948 r. do 1969 r., do momentu przejścia na emeryturę, pracował w publicznych przychodniach w Vysočanach oraz przy ul. Hybernske w Pradze. W 1948 r. ponownie się ożenił. Powrócił do aktywności w ramach ruchu woodcrafterskiego, gdzie pełnił funkcję sołtysa w miejscowości Samechov.

Równolegle do praktyki lekarskiej prowadził badania muzyczno-historyczne, których wyniki publikował w specjalistycznych czasopismach, takich jak „Musical Science”, „Die Musikforschung” oraz prestiżowym „Journal of the Lute Society of America”. Badania Vogla koncentrowały się na muzyce lutniowej w barokowych Czechach, przede wszystkim interesowało go życie i twórczość Jana Antonína Losy z Losinthal (ok. 1650-1721), jednego z najbardziej znanych i podziwianych lutnistów w Europie przełomu XVII/XVIIIw. Podsumowanie swoich badań opublikował w dwóch opracowaniach wydanych przez American Lute Society. Monograficzne opracowania poświęcił także innym czeskim lutnistom, w szczególności I. Jelinkowi (1683-1759), A. Dixowi (1669-1719) i A. Ecksteinowi (1657-1720). Poza tym w wolnym czasie oddawał się także malarstwu, rzeźbiarstwu i grze na lutni. Zmarł w Pradze 3 czerwca 1977 r.

W 2001 r. dział muzyczny Biblioteki Narodowej Republiki Czeskiej otrzymał od przyjaciela Vogla Bohumila Malotína całkowicie unikalną kolekcję muzyczną podpisaną exlibrisem: "Ex musices testudinis Dr. Emil Vogl" (Z muzyki lutniowej dr Emila Vogla). Za wyjątkowy uważany jest monograficzny charakter kolekcji, ale także fakt, że Vogl zdecydowaną większość tomów napisał własnoręcznie. W kolekcji znalazło się ok. 4500 kompozycji prawie stu kompozytorów z ponad stu rękopisów i druków od XVI do XVIII wieku. Utwory spisane zostały odręcznie przez Vogla na niespełna 5000 stronach w 40 tomach przygotowanych w latach 1962-1975. W kolekcji tej znajduje się prawie tysiąc arkuszy fotografii oryginalnych rękopisów i druków, a także obszerny indeks autorów odnoszący się do kompozycji w każdym tomie.

W kwietniu 2023 r. w miejscu jego ostatniego zamieszkania przed deportacją - przy ulicy Mánesova 1374/53 umieszczony został kamień pamięci (niem. Stolpersteine) upamiętniający Emila Vogla oraz Hildegardę Voglovą.