Okręg podzielony został na 3 rejencje: Posen (Poznań), Hohensalsa (Inowrocław) oraz Kalisch (Kalisz), od 1940 r. ze stolicą w Litzmannstadt (vide), przemianowana w lutym 1941 r. na rejencję Litzmannstadt. Na obszarze Kraju Warty znajdo- wał się XXI Okręg Wojskowy (Wehrkreis).
Zgodnie z polityką Greisera, Okręg stał się miejscem masowych wysiedleń ludności polskiej i żydowskiej oraz celem przesiedleń Niemców ze wschodniej Europy i krajów bałtyckich. Do marca 1941 r. wysiedlono do Generalnego Gubernatorstwa ponad 269 tys. Polaków i Żydów. W ich miejsce przesiedlono niemal 620 tys. Niemców.
Od 1940 r. na obszarze Kraju Warty zorganizowano 57 gett, w tym 35 w rejencji łódzkiej i 22 w rejencji inowrocławskiej, w których uwię- ziono łącznie ponad 258 tys. Żydów. W grudniu 1941 r. uruchomiono tu pierwszy obóz zagłady w Chełmnie, w którym do stycznia 1945 r. wymordowano co najmniej 173 tys. osób.