Wydział Szkolny organizował kolonie i półkolonie od 1940 r., głównie na Marysinie, przede wszystkim latem, choć turnusy odbywały się też w innych miesiącach roku. Z dwutygodniowych turnusów skorzystało około 15 tys. dzieci, często sierot i półsierot. Celem kolonii było wzmocnienie najsłabszych, przede wszystkim przez dokarmienie. Dostanie się na taki turnus było marzeniem dzieci, a niekiedy jedyną szansą na przeżycie. Biuro Kolonii Dziecięcych i Oddział Kuchni Dziecięcych mieściły się przy ul. Zagajnikowej 23, a same miejsca kolonijne w różnych domkach m.in. przy ul. Karola Miarki, Jonszera, Okopowej. Na koloniach organizowane były zajęcia szkolne, gry i zabawy, konkursy, czytanie literatury. Dzieci uczyły się też podstaw judaizmu i języka jidysz. Gdy 27 lipca 1941 r. Rumkowski lustrował kolonie, przemaszerowały przed nim trzy tysiące kolonistów i uczniów różnych szkół w wieku od 4 do 17 lat. We wrześniu 1942 r. kolonie zlikwidowano, a przebywające tam dzieci deportowano do ośrodka zagłady w Chełmnie nad Nerem.