Kancelaria Rabinacka przy Przełożonym Starszeństwa Żydów została utworzona 17 sierpnia 1940 r. jako instytucja łącząca cywilną administrację żydowską z Rabinatem. Nazwą i funkcją nawiązywała do istniejącej przy przedwojennej Gminie (vide) Kancelarii Rabinackiej. Jej działalność nie została przerwana po wybuchu wojny, natomiast została podporządkowana Przełożonemu Starszeństwa Żydów (vide) oraz włączona w struktury Wydziałów Ewidencji Ludności. Dzieliła się na referaty ślubów, narodzin i zgonów.

Kancelaria mieściła się początkowo przy ul. Miodowej 4, a 26 października 1941 r. wraz z innymi biurami Wydziałów Ewidencji Ludności została przeniesiona na pl. Kościelny 4 (vide).

W pierwszych miesiącach funkcjonowania kierownictwo Kancelarii spoczywało w rękach trzech rabinów (w dokumentach określanych jako Kolegium Kierownictwa Kancelarii Rabinackiej), którzy pełnili dyżur w danym tygodniu. Osoby te miały upoważnienie do załatwiania spraw w imieniu Rabinatu oraz do reprezentowania go przed Urzędem Stanu Cywilnego (vide). Z nieznanych powodów rabini skierowali 13 października 1940 r. pismo do Henryka Neftalina (vide) jako kierownika Urzędu Stanu Cywilnego, by objął zwierzchnictwo nad Kancelarią. Pismo zostało podpisane przez 13 rabinów należących do Kolegium Rabinackiego (vide). Funkcję kierownika Neftalin pełnił od 16 października 1940 r.

W początkowym okresie zatrudnionych w kancelarii było trzech urzędników: Hilel Charmac (pracujący w strukturach Gminy od 1929 r.), Chil Dąb oraz woźny Szlama Zalme Lipszyc (przeniesiony następnie do Kolegium Rabinackiego). Pracował tam również Jakub Hurwicz, który w 1941 r. prosił o przeniesienie do Kolegium Rabinackiego w godności rabina urzędowego. Nie odnaleziono dowodu na zatwierdzenie tej prośby; Hurwicz w 1942 r. został skierowany do pracy w Archiwum (vide).

Do zadań Kancelarii należało rejestrowanie czynności religijnych wykonywanych przez członków Kolegium Rabinackiego. Najistotniejsze obowiązki związane były z rejestracją ślubów i zgonów. Po powstaniu Referatu Zgonów w Urzędzie Stanu Cywilnego ustaliła się następująca procedura: z kartą zgonu podpisaną przez lekarza petent najpierw wymeldowywał zmarłego w Biurze Meldunkowym (vide), następnie w Referacie Zgonów w obecności dwóch świadków sporządzano akt zgonu. Ostatnim krokiem było wpisanie w Kancelarii Rabinackiej zawiadomienia o zgonie do Rejestru Zgonów.

Kolejny obszar zadań Kancelarii wiązał się z rejestracją ślubów. Osoby planujące ślub były zobowiązane do załatwienia formalności najpierw w Urzędzie Stanu Cywilnego, następnie zaś zarejestrowania go w Kancelarii. Od listopada 1940 r. ślubów mogli udzielać jedynie członkowie Rabinatu, a od grudnia tego roku wprowadzono zasadę, że przed zawarciem ślubu należy uzyskać zgodę w Urzędzie Stanu Cywilnego. Po otworzeniu 15 maja 1941 r. sali do udzielania ślubów przy ul. Miodowej 6 zakazano zawierania małżeństw w innych miejscach. Na ślub w prywatnym mieszkaniu należało uzyskać specjalną dyspensę.

Z zachowanej dokumentacji wynika, że kierownik Kancelarii dyscyplinował rabinów np. w sprawach nielegalnych ślubów udzielanych poza Rabinatem oraz przypominał o obowiązku rejestrowania ślubów w Urzędzie Stanu Cywilnego. Kierował też do Urzędu Stanu Cywilnego pisma o ukaranie par, którym mimo rejestracji i zamówienia „sali do udzielania ślubów” ślubu udzielał rabin spoza Kolegium Rabinackiego.

Do Kancelarii na ręce kierownika Neftalina trafiały do zatwierdzenia nominacje do Kolegium Rabinackiego. Rabini wykorzystywali Neftalina jako kierownika Kancelarii do kontaktowania się za jego pośrednictwem z Mordechajem Chaimem Rumkowskim.

Po deportacji we wrześniu 1942 r. (vide Szpera) członków Kolegium Rabinicznego do Chełmna nad Nerem Kancelaria przestała funkcjonować.