W lutym 1941 r. naukę zawieszono aż do przygotowania nowej siedziby, czyli domków przy ul. Przemysłowej i Otylii na Marysinie (vide), zwolnionych przez resorty krawiecki i szewski. Uczniowie gimnazjum po raz pierwszy pojawili się w tej szkole 27 kwietnia.
Z zapisów Dawida Sierakowiaka wynika, że w szkole było ciasno, ledwie mieściły się ławki, brakowało nawet tablic. Zajęcia odbywały się w dalszym ciągu na zmianie rannej i popołudniowej. Tereny dookoła szkoły zostały przeznaczone na uprawę, czym mieli się zajmować uczniowie. Klasy licealne natomiast po przerwie w lutym rozpoczęły naukę w budynku przy ul. Smugowej 6.
Gimnazjum przemysłowe próbowano otworzyć przy ul. Brzezińskiej 40, ale po kilku tygodniach zamknięto je wskutek niskiej frekwencji uczniów, zwłaszcza klas starszych. Uczniowie mający przygotowanie zawodowe zaczęli pracować w resortach.
Nauka w gimnazjum w pierwszych miesiącach getta cieszyła się popularnością, mimo konieczności opłacania czesnego. Klasy liczyły nawet 90 osób, a lekcje odbywały się na trzech zmianach. Od listopada 1940 r., a więc już w siedzibie przy ul. Franciszkańskiej, do szkół średnich uczęszczało 1910 uczniów. Najwięcej było uczennic gimnazjum i liceum (1000 osób, w tym 42 maturzystki). Gimnazjum męskie liczyło 565 uczniów (w tym 48 maturzystów), a gimnazja mechaniczne i tkackie odpowiednio 206 i 139 osób. Dla wielu uczniów istotna była również możliwość zjedzenia w szkole obiadu. Najubożsi uczniowie otrzymywali posiłki za darmo bądź po obniżonej cenie. Koszt jednej zupy wynosił 15 fen. (dla rodzin utrzymujących się z zasiłku 5 fen.). W kolejnym roku liczba uczniów malała, zwłaszcza w klasach męskich. Między majem a lipcem zrezygnowało 44 chłopców i 8 dziewcząt. Zachowały się podania rodziców o wykreślenie syna lub córki ze szkoły w związku z koniecznością podjęcia pracy zarobkowej. Do matury we wrześniu 1941 r. dotrwało 88 uczniów, brak danych, ile osób zdawało. Egzaminy maturalne odbyły się 4 września.
W Kronice (vide) narzekano na niski poziom nauki w szkołach średnich, spowodowany brakami kadrowymi i różnym poziomem uczniów, wywodzących się z bardzo różnych szkół przedwojennych.
Nie była to jedyna matura przeprowadzona w getcie. W lutym 1940 r. zorganizowano maturę hebrajską dla wychowanków dawnych uczniów szkół żydowskich, a czerwcu 1940 r. do egzaminu przystąpiło 29 dziewcząt i 19 chłopców, którzy ukończyli drugą klasę licealną w szkołach powszechnych.
Ostatni dzień nauki w roku szkolnym 1940/1941 przypadł w piątek 26 września, choć oficjalnie zakończył się 30 września. Przerwę wakacyjną zaplanowano do 15 października, do wznowienia nauki jednak nie doszło. Budynki szkolne zostały przeznaczone na siedziby zbiorowych kwater dla deportowanych tu jesienią 1941 r. Żydów z Rzeszy i Protektoratu (vide). Dla uczniów liceum przygotowano świadectwa ukończenia pierwszej klasy w roku szkolnym 1940/1941 i promowania do drugiej. Miało to umożliwić podjęcie nauki w przyszłości. Świadectwa zostały wystawione 1 grudnia 1943 r.