Przed wybuchem wojny w Częstochowie mieszkało 28,5 tys. Żydów, stanowiąc ponad 20% ogółu mieszkańców. Po zajęciu miasta 3 września 1939 r. rozpoczęły się prześladowania Żydów. Na polecenie władz niemieckich utworzono Radę Żydowską z Leonem Kopińskim na czele, której podporządkowano administrację liczącą niemal 700 pracowników. W pierwszym okresie wojny Żydzi zostali zmuszeni do zamieszkania w jednej dzielnicy, którą 9 kwietnia 1941 r. przekształcono w półotwarte getto. Zatrudniano ich w wielu przedsiębiorstwach na terenie miasta oraz w granicach getta. Duża grupa pracowała w zakładach włókienniczych Gręplarnia i Przędzalnia Wełny Peltzer i Synowie, które w 1942 r. zostały przejęte przez niemiecki koncern Hugo Schneider Aktiengesellschaft Metallwarenfabrik (HASAG) i przekształcone w zakłady zbrojeniowe.

W maju 1942 r. zamordowano przedstawicieli Rady Żydowskiej, co stanowiło przygotowanie do likwidacji getta i deportacji jego mieszkańców do obozów zagłady. Pierwsza fala deportacji trwała w dniach 21–22 września 1942 r. W jej trakcie niemiecka policja wspierana przez oddziały ukraińskie z Trawnik oraz polską policję granatową przeprowadziła 7 tys. osób na stację kolejową na Zawodziu, skąd zostały one wywiezione do obozu zagłady w Treblince. Około 200 osób zamordowano na miejscu, a 300 skierowano do pracy przymusowej. W kolejnych dniach przeprowadzono następne łapanki, które trwały do 7 października 1942 r. Ogółem w ciągu dwóch tygodni deportowano i zamordowano w Treblince 33–40 tys. Żydów, natomiast 2 tys. zamordowano w miejscu.

Po likwidacji getta pozostawiono w mieście ok. 5 tys. osób, odizolowanych w tzw. małym getcie, skąd kierowani byli do pracy przymusowej w zakładach HASAG. Regularnie przeprowadzano selekcje, mordując osoby uznane za niezdolne do pracy, w tym kobiety i dzieci, które rozstrzeliwano na miejscu lub wysyłano do obozu zagłady w Treblince.

Likwidację małego getta zarządzono 26 czerwca 1943 r. W jej trakcie członkowie Żydowskiej Organizacji Bojowej stawili zbrojny opór, co zaskoczyło Niemców. Podczas walk zamordowano ok. 2 tys. osób. Pozostałych wysłano do pracy przymusowej w zakładach zbrojeniowych.

Mimo izolacji gett oraz granicy przebiegającej między Krajem Warty a Generalnym Gubernatorstwem znane są przypadki kontaktów między obiema dzielnicami zamkniętymi. W 1940 r. do Częstochowy przybyła duża grupa uciekinierów z Łodzi, wzbudzając sensację noszonymi żółtymi gwiazdami Dawida (vide), nieznanymi w GG. Według sprawozdań częstochowskiego Juderatu takie migracje trwały do połowy 1942 r. i dotyczyły kilkuset łodzian.

W kwietniu 1942 r. do getta łódzkiego przesiedlono z Częstochowy dwunastoletniego Aleksandra Naumana, którego rodzice mieszkali w Łodzi. Kronika donosiła, że niemal w tym samym czasie, 29 kwietnia, przybyli tam też „w celach prywatnych” rzekomi przedstawiciele częstochowskiej Rady Żydowskiej – Juda Majer Beser i Jakub Rozenberg. W rzeczywistości była to dwójka donosicieli współpracujących z władzami niemieckimi i dostarczających im informacji na temat ukrytego majątku należącego do Żydów.

4 marca 1944 r. do Częstochowy deportowano z getta łódzkiego grupę 750 osób. Również one zostały zatrudnione w zakładach HASAG. Według relacji ocalałych warunki tam panujące były lepsze od tych w getcie, dzięki czemu wielu z nich udało się przeżyć wojnę.