W kwietniu 1940 r. administracja żydowska przejęła apteki funkcjonujące na terenie getta. Poza apteką Kasperkiewicza przy ul. Zgierskiej 56 (która najprawdopodobniej ze względu na jej obrabowanie nie została ponownie otwarta) wszystkie włączono do Wydziału Zdrowia. Podlegały bezpośrednio Referatowi Aptecznemu, kierowanemu przez Dawida Perelmuttera, a od lipca 1944 r. przez Samuela Kona. 

Do końca 1940 r. w getcie działało pięć aptek (nr I–V) oraz jedna składnica apteczna, zlokalizowana w budynku szpitala nr I przy ul. Łagiewnickiej 34/36. W lutym 1941 r. została uruchomiona dodatkowa apteka nr VI. Funkcjonowała również jedna apteka prywatna Samuela Kona i A. Fajnemana, przy pl. Kościelnym 8. Była ona zobligowana dostarczać dziennie ok. 350 bezpłatnych lekarstw oraz płacić podatek przemysłowy na konto Wydziału Finansowo-Gospodarczego. Wraz z mieszczącą się w szpitalu przy ul. Łagiewnickiej 34/36 należała do największych aptek w getcie. Jesienią 1941 r. została włączona do Referatu jako apteka nr VII. Najprawdopodobniej po likwidacji kolonii letnich dla dzieci na Marysinie zlikwidowano aptekę nr V. Apteki były czynne w godzinach 8.00–20.00. Poszczególne z nich mieściły się:

I – przy Starym Rynku 9 (kierownik: mgr Ita Jedwabowa),
II – przy ul. Limanowskiego 37 (kierownik: mgr Aleksander Ostrowski),
III – przy ul. Brzezińskiej 56 (kierownik: mgr Dawid Perelmuter),
IV – przy ul. Łagiewnickiej 36 (kierownik: mgr Jakob Kahane),
V – przy ul. Brudzińskiego 12,
VI – przy ul. Rybnej 5 (kierownik: mgr Natan Otto Blausztejn),
VII – przy pl. Kościelnym 8 (kierownik: mgr Samuel Kon).

W grudniu 1940 r. apteki zatrudniały 76 osób: 12 magistrów, 31 techników, 1 laboranta, 2 osoby obsługi drogeryjnej, 1 księgowego, 8 kasjerek, 1 etykieciarkę oraz 20 pracowników fizycznych. Farmaceuci znajdowali się w uprzywilejowanej grupie ludności, dostającej tzw. przydziały bajrackie. W 1941 r. apteki przygotowały 633 tys. lekarstw, w tym blisko 533 tys. nieodpłatnych. Liczba ta była jednak wciąż niewystarczająca w stosunku do potrzeb ludności, ich szczególny niedostatek odczuwano w okresach epidemii czerwonki, gruźlicy i tyfusu. Apteki borykały się z problemem niewystarczającego zaopatrzenia w lekarstwa. Z tego względu medykamenty należały do grupy towarów najczęściej sprzedawanych na czarnym rynku.

W pewnym okresie działała również apteka Oddziału Specjalnego (vide). Jej działalność była związana z objęciem od początku 1943 r. nadzoru nad wydawaniem leków w getcie przez Oddział Specjalny. Została ona zlikwidowana w pierwszej połowie sierpnia 1943 r. wskutek wizyty Hansa Biebowa (vide), który miał ją określić mianem „instytucji zbytecznej”.